为防止基质带菌或虫卵，使用前必须消毒处理。凡已经栽培过蔬菜并准备继续使用的基质，因其含有部分蔬菜残根等物，更易引起病菌感染，也应消毒。一般用化学方法及消毒剂来消毒。

育苗基质可以事先消毒，用浓度0.5%~1%的高锰酸钾溶液或多菌灵、百菌清、甲基托布津等农药消毒，并盖好塑料薄膜，3〜5天后揭开薄膜，再放1~2天即可用于播种；也可以在播种过程中用浓度0.3%的高锰酸钾溶液消毒，但是消毒效果不如前者。

还可以用甲醛将40%的甲醛稀释50倍，用喷壶均勻将基质喷湿，用塑料薄膜覆盖24小时，自然风干2周后使用。

厘米见方打1孔，注入5毫升氯化苦，封孔。其上再堆放30厘米厚基质，方法同前。如此堆放2~ 3层，盖严薄膜7~10天，然后摊开晾7~8天使用。

每立方米使用溴甲烷100~150克，将药与基质混匀堆放，盖严塑料薄膜3~5天，然后摊开晾晒2~3天后可以使用。

如果基质厂家使用过久，基质上积留大量盐分，影响继续使用效果，可用清水浸泡或冲洗一段时间，然后继续使用。