该病症状因气候条件而不同。在干旱半干旱地区，多引起茎基腐、根腐；多湿地区除以上症状外，还引起叶斑、茎枯、穗颈枯。

幼苗受侵，芽鞘和根部变褐甚至腐烂；严重时，幼芽不能出土而枯死；在分蘖期，根茎部产生褐斑，叶鞘发生褐色腐烂，严重时也可引起幼苗死亡，育苗基质价格。

成株期在叶片或叶鞘上，Z初产生黑褐色梭形病斑，以后扩大变为椭圆形或不规则形褐斑，中央灰白色至淡褐色，边缘不明显。在空气湿润和多雨期间，病斑上产生黑色霉状物，用手容易抹掉(与球霉病，颖枯病和叶枯病不易用手抹掉不同)。

叶鞘上的病斑还可引起茎节发病，穗部发病，一般是个别小穗发病，小穗梗和颖片变为褐色。在湿度较大时，病斑表面也产生黑色霉状物，有时会发生穗枯或掉穗。

种子受害时，病粒胚尖呈黑色，重者全胚呈黑色(但胚尖或全胚发黑者不一定是根腐病菌所致，也可能是由假黑胚病菌所致)根腐病除发生在胚部以夕卜，也可发生在胚乳的腹背或腹沟等部分。病斑梭形，边缘褐色，中央白色。此种种子叫“花斑粒”。